科學家開發一種通過小規模測序檢測癌癥DNA的新方法
癌癥患者的腫瘤細胞會釋放部分DNA片段到血液中,這些來自腫瘤組織的DNA片段會攜帶突變。通過基因檢測,發現突變位點,找出特定的腫瘤DNA片段,就可以為患者制定更加有效,副作用更小的治療方案。
但精確地檢測低豐度DNA難度大,特別是在尋找癌癥治療后留下的少量腫瘤細胞方面(稱為“微小殘留病”,或MRD,minimal residual disease),目前的技術需要通過大量測序才能找到。因此,亟需開發新的方法,提高檢測靈敏度,降低檢測成本。
近日,美國麻省理工學院和哈佛大學的研究團隊開發了一種名為“通過識別寡核苷酸富集次要等位基因測序”的新方法MAESTRO(minor allele enriched sequencing through recognition oligonucleotides),能以較小的測序規模,準確、高效地從患者血液樣本中識別出數千個DNA突變,有望以更低的成本協助檢測患者體內的殘存癌細胞,及時開展疾病復發監測。
該研究中,研究人員首先對患者的腫瘤活檢進行測序,了解突變的情況。根據突變信息,針對性的開發出僅與腫瘤相關的DNA序列結合的分子探針,用以富集血液樣本中游離的腫瘤相關DNA,優化測序樣本,提升從血液樣本中識別出罕見癌癥突變的能力。
相關論文“Massively parallel enrichment of low-frequency alleles enables duplex sequencing at low depth”近日發表于《Nature Biomedical Engineering》雜志。
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